丹沢大山総合調査は丹沢の保全管理に向けて2004年度に始まりました。 1999年から始まった丹沢大山自然環境総合調査を受け、「新・丹沢大山保全計画(現:丹沢大山自然再生計画)」を策定する目標のもとに進められました。